Năm 1487, ngày 19 tháng 9, sau khi Vạn quý phi mất do bệnh gan, Minh Hiến Tông do quá thương nhớ bà ta mà sinh bệnh rồi qua đời, an táng tại Mậu Lăng (茂陵).

Thái tử Chu Hựu Đường kế vị, tức là Minh Hiếu Tông. Miếu hiệu của ông là Hiến Tông (憲宗), thụy hiệu là Kế Thiên Ngưng Đạo Thành Minh Nhân Kính Sùng Văn Túc Vũ Hoành Đức Thánh Hiếu Thuần hoàng đế (繼天凝道誠明仁敬崇文肅武宏德聖孝純皇帝), gọi tắt là Hiến Tông Thuần hoàng đế (憲宗純皇帝).